根据《标准材料采购招标文件》以及教材内容，卖方延迟交货的违约金计算方法如下：
迟延交付违约金=延迟交付材料金额×0.08%×延迟交货天数。
具体解析如下：合同价款：100万元；延迟交货天数：60天。
违约金计算公式：迟延交付违约金万元迟延交付违约金=100万元×0.08;
计算过程：万元100万元×0.08=0.08万元；0.08万元/天×60天=4.8万元。
最高限额：迟延交付违约金的最高限额为合同价格的10%,即：万元100万元×10。由于计算出的违约金4.8万元没有超过最高限额10万元，所以最终的违约金为4.8万元。综上所述，正确答案是D。