A选项错误，政府投资的交通运输工程建设项目实行审批制，而不是核准制。
B选项错误，企业投资的交通运输工程建设项目实行核准制，而不是审批制。
C选项正确，县级以上人民政府交通运输主管部门按职责权限审批或核准交通运输工程建设项目，不得越权审批、核准项目或擅自简化建设程序。
D选项错误，县级以上人民政府交通运输主管部门不得擅自简化建设程序。