监理机构审核承包人提交的最终结清申请材料时，审核内容应包括：
按合同约定承包人完成的全部合同金额(A)。尚未结清的名目和金额(C)。发包人应支付的最终结清金额(E)。
发包人应支付的完工付款金额(B)和质量保证金(D)属于完工付款阶段的内容，不属于最终结清申请的审核范围。