A选项正确，联合编制交叉作业工作危害分析（JHA）并制定相应的安全措施是合理的，有助于识别和预防潜在的危险。B选项错误，审核承包商资质后，完全依赖监理单位全程监督是不全面的，企业自身也应参与管理和监督。C选项正确，要求承包商之间签订安全管理协议，审核作业许可证签发记录，定期检查施工进度是有效的管理措施。D选项正确，在合同中明确双方安全责任，并由企业统一协调管理，明确各自职责。