设计施工总承包方式的缺点包括：（1）设计不一定是最优方案；（2）减弱实施阶段发包人对承包人的监督和检查。
A.工期与费用不固定：实际上，设计施工总承包合同通常采用固定工期、固定费用的承包方式，因此这个选项是错误的。
C.建设工期延长：设计施工总承包模式可以实现设计与施工的合理搭接，从而缩短建设周期。因此，这个选项也是错误的。
D.增加设计变更：设计施工总承包模式下，设计与施工紧密衔接，可以减少设计变更。因此，这个选项也是错误的。
综上所述，正确答案是B和E。