检测单位应建立的程序文件主要包括《仪器设备管理程序》《计量溯源程序》《仪器设备期间核查程序》《标准物质管理程序》等，旨在规范设备的技术状态与使用流程。财务折旧程序属于企业财务管理范畴，不属于仪器设备技术管理体系的必要文件。