施工阶段投资控制的主要工作：
1.进行工程计量和付款签证
2.对完成工程量进行偏差分析
3.审核竣工结算款
4.处理施工单位提出的工程变更费用
5.处理费用索赔
选项E属于工程勘察设计阶段投资控制的主要工作。