招标人应按招标文件规定的时间、地点，组织投标人踏勘项目现场，部分投标人未按时参加踏勘现场的，不影响踏勘现场的正常进行。
招标人在踏勘现场中介绍的工程场地和相关的周边环境情况，供投标人在编制投标文件时参考，招标人不对投标人据此作出的判断和决策负责。
A.这是不正确的。组织踏勘项目现场的时间是由招标人在招标文件中明确规定，而不是由招标人和投标人协商确定。
B.这是正确的。招标人应按招标文件规定的时间、地点，组织所有投标人踏勘项目现场。部分投标人未按时参加踏勘现场的，不影响踏勘现场的正常进行。招标人也不得单独为某个或部分投标人组织踏勘现场，以保证公平性。
C.这是不正确的。投标预备会通常在踏勘现场之后举行，以便投标人可以在踏勘现场后提出问题，并在预备会上得到解答。
D.这是不正确的。招标人对招标文件的澄清应发给所有购买招标文件的投标人，而不是仅通知提出问题的投标人，以确保所有投标人都获得相同的信息。
因此，正确答案是B.。