1.监理机构通知施工单位采取措施保护现场。
监理机构及时通知建设单位，并报告文物管理部门。（3分）
2.事件2中，总监理工程师和建设单位的不正确之处及变更的正确处理程序如下：
（1）总监理工程师做法的不正确之处：总监理工程师指令施工单位暂停施工后，立即与设计单位联系。
（2）建设单位做法的不正确之处：建设单位要求总监理工程师修改施工图并签署变更文件，指示施工单位实施变更。
（3）该设计变更的正确处理程序：
①施工单位向监理机构提出书面变更建议；
②监理工程师收到施工单位书面建议后，应与建设单位共同研究，确认存在变更的，应由建设单位转交原设计单位编制设计变更文件；
③监理机构向施工单位发出变更指令。（3分）
3.向甲施工单位发出整改通知正确。
理由：甲施工单位属于总承包人，和建设单位存在合同关系，监理工程师的所有指令均可发给总承包人。
向乙施工单位发出整改通知不正确。
理由：乙施工单位与建设单位之间没有合同关系。
应采取的措施：
①监理工程师应下达工程暂停令，要求甲施工单位停工整改；
②整改完毕后经监理工程师复查，符合规定要求后，应及时签署工程复工通知。（5分）
4.这起事故的主要原因：
（1）现场临时抽调民工，民工无支架预压施工的知识，不懂得此项作业的安全规定。
（2）现场没有技术人员指导和监督农民工作业。
（3）现场安全检查不到位。
（4）上岗前未进行安全技术交底，一字排开就近摆放砂袋，造成偏压。（4分）
5.钻孔桩必须设置泥浆沉淀池，不得将泥浆直接排入河水或河道中，经沉淀后上清水排放，减小悬浮固体的排放量。
废弃的钻孔泥浆以及其他废弃物，应运至事先准备好的沉淀池临时储存，待吹干后运往指定的弃渣场进行永久处置，避免由于水土流失或可能的有毒盐土风化等因素导致造成农田和水系污染，弃渣不得弃于河道或河滩地。（3分）
6.监理工程师应不同意对增加的桩长给予计量。
理由：施工单位应严格按合同设计图纸施工，由于施工单位的原因超过设计范围的那部分工程量不予计量，或工程量应以净值为准，或未经监理工程师批准，由于超钻而深于所需的桩长部分，不予计量。（2分）